Bez obzira što se za zvanični datum osnivanja udruženja uzima 17.12.2009. nastanku Udruženja u ovom obliku prethodila dugogodišnja tradicija postojanja Jugoslovenskog udruženja gastroenterologa. Udruženje gastroenterologa Jugoslavije je formirano 1964. godine.
Prvi predsednik je bio profesor dr Mihajlo Andrejević. Prvi kongres gastroenterologa Jugoslavije u organizaciji Udruženja gastroenterologa Jugosavije a kojim je stručno rukovodio predsednik organizacionog odbora profesor dr Laslo Kala i iz Zagreba je održan 1967. godine u Opatiji. Time je gastroenterologija u tadašnjoj Jugosaviji definitivno postala strukovno organizovana što je omogućilo saradnju sa evropskim i svetskim organizacijama gastroenterologa.
Posle dezintegracije Jugoslavije 1991. godine, kontinuitet i stručna aktivnost Udruženja gastroenterologa Jugoslavije u Srbiji i Crnoj Gori nije prekidana.
Današnji, pun naziv udruženja glasi "Udruženje gastroenterologa Srbije", skraćeni naziv: "UGS", a naziv na engleskom jeziku: "Association of Serbian Gastroenterologists", i ima sedište u Beogradu, Klinici za gastroenterologiju i hepatologiju, Univerzitetskog Kliničkog centra Srbije, ul. Koste Todorovića br. 2.
Udruženje gastroenterologa Srbije je osnovano sa ciljem unapređenja položaja gastroenterologije u Republici Srbiji i organizovanja i razvijanja regionalne i međunarodne saradnje sa drugim gastroenterološkim udruženjima i institucijama u regionu, Evropi i svetu, kao i radi ostvarivanja sledećih ciljeva:
- sprovodjenja kontinuirane medicinske obuke i programa akreditacije
- istraživanju u oblasti prevencije i lečenja oboljenja digestivnih organa
- naučnog i stručnog unapređenjenja gastroenterologije u Republici Srbije
- naučnog i stručnog unapređenjenja gastroenterologije u Republici Srbije